A mediados del siglo XIII se restituyó la diócesis de Cartagena, que había sido suprimida durante la dominación musulmana de la Península Ibérica. Fue entonces cuando se creó este templo con el fin de servir como sede catedralicia. Poco tiempo estuvo desempeñando esa función, puesto que a finales de ese mismo siglo la catedral fue reconvertida en iglesia parroquial. No quedan trazas de aquella edificación, que probablemente debió estar construida en estilo gótico, al hundirse los cimientos y quedar en riesgo de derrumbe a finales del siglo XIX. Unas décadas más tarde fue reconstruida casi por completo, dando como resultado la versión neorrománica cuyos restos podemos ver en la actualidad. El edificio se mantiene en ruinas desde la infausta Guerra Civil española, cuando fue destruido en parte durante diversos bombardeos republicanos y más tarde abandonado. Actualmente se encuentra a la espera de fondos que permitan una nueva y necesaria reconstrucción.