Tercer templo parroquial de Valencia de Alcántara, la iglesia de San Antonio de Padua fue designada como tal en la década de los cincuenta del siglo XX. Anteriormente era una ermita situada a las afueras de la población, junto al lugar conocido como Fuente Nueva. Sus orígenes son desconocidos, aunque es probable que sea una versión posterior de una ermita dedicada a Santo Tomé que existió en el mismo lugar. Tras un enfrentamiento con Portugal ocurrido a comienzos del siglo XVIII quedó en tan mal estado que hubo de ser reconstruida, quizás cambiando a la advocación actual entonces. Dos reestructuraciones fueron llevadas a cabo a lo largo de ese mismo siglo, mientras que a mediados del siglo XIX fue reconvertida en hospital por un tiempo, con el fin de tratar a los afectados por una epidemia de cólera. Nuevas reformas, que le otorgaron su aspecto actual, tuvieron lugar en el siglo XX con vistas a su conversión en parroquia y los últimos retoques hasta la fecha le fueron proporcionados ya a comienzos del siglo XXI.