Antiguamente conocido como Oxus, el Amu Darya se forma por la unión de los ríos Vakhsh y Panj, que bajan raudos desde las alturas de la cordillera del Pamir. A partir de ese momento, y hasta su finalización en lo que fue el mar de Aral, recorre cerca de dos mil quinientos kilómetros en los estados de Tayikistán, Afganistán, Turkmenistán y Uzbekistán. A lo largo de ellos sirve como frontera en diversos puntos. Lo hace, desde su curso alto al bajo, entre Tayikistán y Afganistán; entre Uzbekistán y Afganistán; entre Turkmenistán y Afganistán; y, por último, entre Turkmenistán y Uzbekistán. También actúa como separación entre los desiertos de Karakum y Kyzylkum en su tramo medio. Su cuenca supera el medio millón de kilómetros cuadrados, ocupando una parte de los países anteriormente mencionados más una pequeña porción de Kirguistán. Históricamente, se cree que su desembocadura cambió desde el sur del mar de Aral al este del mar Caspio, para volver al mar de Aral después de un desvío de su curso por parte de los mongoles en el siglo XIII. Tras el desecado de la mayor parte de este último en la segunda mitad del siglo XX, en la actualidad el río ha perdido el contacto con lo que queda del lago y sus aguas se difuminan formando un humedal en el desértico territorio de Karakalpakstan.
